Em 1948 sob a direção do pastor Luis Gianini, foi construído a primeira Escola Adventista Urbana de Pelotas. Era preciso oferecer educação integral para as crianças de nossa igreja. A primeira professora, Elmira Barreto, era apoiada pela junta escolar de então: o diretor Rodolfo Zehetmeyr, que exerceu este cargo durante aproximadamente três anos.

A inauguração se deu em 13 de março de 1948. Inicialmente funcionou a primeira, segunda e terceira séries primárias, em salas nas dependências da própria Igreja Adventista Central de Pelotas, localizada na Rua Santa Cruz n°1973. Com o aumento no número de estudantes, foi necessário aumentar também o número de salas da igreja. Foi assim que nasceu a futura Escola Adventista Princesa Isabel. A escola ficou localizada junto à igreja, até surgir a oportunidade de adquirir um novo terreno, que aconteceu na gestão ministerial do pastor Ezequiel Moraes, entre os anos 1971 e 1972.

Em 1973 o pastor Jorge Anacleto lançou a pedra fundamental, ficando o trabalho da construção, propriamente dita sob a responsabilidade do pastor Nelson Amador dos Reis, pastor distrital. No ano de1977, a escola contava com 140 alunos e realizou a 1ª formatura do Ensino Fundamental Completo. Com muita alegria este evento foi realizado no auditório do Instituto de Educação Assis Brasil. Um dos destaques de gestores, foi o professor Mardoqueu na conquista de 440 alunos em nossa escola, no ano de 1986. Em 1993, a escola passou a chamar-se Centro Educacional Adventista de Pelotas e em 1996 passou a denominar-se Escola Adventista de Pelotas. Daí para frente houveram muitos avanços, tanto na parte pedagógica como em sua estrutura. 

O ano de 1999 foi muito especial para nossa escola, pois foram comemorados os 50 anos da Escola Adventista de Pelotas, com muitas festividades, cantata dos corais da escola e da igreja e culto de Ação de Graças. Este evento foi realizado no auditório do Clube Gonzaga. No ano 2000, a escola passou a chamar-se Escola Adventista de Ensino Fundamental de Pelotas, sob a administração do professor Pedro Daniel Siqueira de Mattos. Em 11 de fevereiro de 2001, inaugurou-se o Ginásio Poliesportivo.

A partir do segundo semestre do ano de 2014 muitos investimentos foram realizados: uma reforma na fachada externa, novas salas de Educação Infantil e um novo Playground, deram um tom de modernidade na escola. Em 2015 mais salas foram reformadas, bem como, corredores de acesso e repaginação externa do Prédio. No primeiro semestre de 2016 a escola inaugurou seu laboratório de Ciências e cobriu a área externa da Educação Infantil. Em 2017, foi adquirido um terreno ao lado da escola para ampliação e modernização da mesma com uma grande reforma de estrutura e construção de um novo pavilhão de salas de aulas, banheiros, laboratório, biblioteca, cantina coberta, dentre outros espaços. A escola ganhou um auditório para mais de 120 pessoas e o ginásio foi reformado para melhor atender a comunidade escolar. Essa construção foi inaugurada nas Festividades Alusivas aos 70 anos de Educação Adventista em Pelotas no ano de 2018 que conta com 485 alunos.

 Desde 1948, muitos profissionais da educação contribuíram para o bom funcionamento da escola.

Segue abaixo os professores que estiveram à frente da escola como Administradores Escolares:

1948 a 1960– Rodolfo Zehetmeyr

1960 a 1961 – Elice Wolf

1961 a 1962 – Relindes Renk

1962 a 1964 – Leda Marafiga

1964 a 1971 – Leony Nascimento

1971 a 1973– Solange Madruga

1973 a 1975 – Ivanilde Camargo de Moraes

1975 a 1976 – Eva Isabel Tejada

1976 a 1977– Regina Maria Franz

1977 a 1978- Yolanda Morsch dos Reis

1978 a 1979 – Carmem Pothin

1979 a 1982 – Alcides Coimbra

1982 a 1984– João Eronildo Locatelli

1984 a 1989 – Mardoqueu Mattos Pires

1989 a 1990 – Lucila Garcia

1990 a 1992 – Carlos Rodrigues

1992 a 1995 – José Humberto Cardoso

1995 a 1995 – Paulo Borba

1995 a 2000 – Carlos Seneu Lopes dos Santos

2000 a 2003– Pedro Daniel Siqueira de Mattos

2003 a 2005 – Alice Leonor Seemann Bussmann 

2005 a 2009 – Márcia Giseli dos Santos Silveira

2009 a 2014 – Valéria Caetano Rodrigues

2014 a 2019 – Mariângela Mendes

2019 a 2021 – Revelino Evangelista

2021 - Marilane Barcelos Pereira (atual administradora)